Badan Wakaf Graha Qur’an Madani (BWGQM) adalah Lembaga tertinggi dalam organisasi Lembaga Pendidikan Graha Qur’an Madani yang bertanggung jawab atas segala pelaksanaan, pengelolahan, pengembangan aset wakaf dan perkembangan pendidikan di Graha Qur’an Madani. BWGQM dibentuk oleh pendiri Graha Qur’an Madani (Didik Madani, S.Sos., M.Med. Kom) dan (Ustadzah Nur Fitriana). 

Selama proses merintis pembangunan dan operasi Pondok Pesantren Graha Qur’an Madani (awalnya Rumah Tahfidz dan TK) selaku mandataris di pimpin oleh Pengasuh/pimpinan Rumah Tahfidz Graha Qur’an Madani.

Pimpinan Pondok Graha Qur’an Madani nantinya merupakan badan eksekutif (setelah wafatnya pendiri Graha Qur’an Madani) yang dipilih dalam Sidang setiap 5 tahun sekali.

Pimpinan Pondok Graha Qur’an Madani adalah mandataris yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan dan bertanggungjawab kepada Badan Wakaf graha Qur’an Madani (BWGQM).